在自然界中將個體難以用肉眼觀察到的一切微小生物統稱為微生物，但是有些微生物也是肉眼可見的，比如我們熟悉的靈芝、蘑菇等真菌。在水中的微生物主要有藻類和菌類。在污水處理行業中，物理法、化學法和生物法都是比較常用的方法，其中生物法就是利用微生物新陳代謝功能降解并轉化污水中溶解性和膠體狀的有機污染物。
污水處理廠常用的微生物法有：活性污泥法、生物膜法、生物接觸氧化法、厭氧微生物法。
微生物在水處理中的作用
1.好氧中微生物起指示作用，判斷活性污泥的凈化能力和運行情況。
2.凈化廢水，去除水中有機物，COD、TN、TP等。
3.產生絮凝物質，促進活性污泥形成。
微生物的產品包括：反硝化菌劑、硝化菌劑、COD菌劑、低溫菌、高溫耐鹽菌……。為促進微生物水處理作用與之相對應的還有復合碳源、濾池碳源、微生物促生劑、微生物解毒劑、生物載體等，而微生物代謝物酶又可廣泛應用于洗滌、飼料、食品、飲料、肉類加工、釀酒、生物柴油、工業乙醇、皮革、紡織等工業生產加工中。